海军总医院自1954年经周恩来总理批准组建以来，经过60多年的发展，目前已建设成为一所集医疗、保健、教学、科研、预防为一体的大型现代化综合型医院，是1994年首批获评的军队三级甲等医院。医院现占地面积156亩，总建筑面积28.9万平方米，医疗设备总值7.2亿元；设置有55个专业科室，展开床位1776张，年门急诊量160余万人次，年手术量1.6万例次。年出院病人超5万人。
海军总医院重点学科包括1个全军神经外科研究所，耳鼻喉、高压氧、航海航空等三个全军医学专科中心，1个全军技术生育优生优育技术指导中心，以及脊柱外科疾病、结节病和视光学疾病等3个全军专病中心，1个全军海战伤救治研究重点实验室。该医院主要担负驻京海、陆、空体系军队人员潜水、潜艇、航空兵等海军特勤人员的医疗保障任务，以及部分师以上干部医疗保健任务。
医院是第二军医大学、南方医科大学等多所高校的临床教学医院，现有博士后科研流动站1个、博士学科点27个、硕士学科点64个。累计获国家及军队级各类奖项600余项。其中，“十一五”以来，医院共承担国家、军队及其他课题245项，活动国家和军队各类奖项60个。
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