2019年12月27日，北京友谊医院通州院区二期建设项目正式开工，这是北京市委市政府推进京津冀协同发展战略的重要举措，也是落实新版北京城市总体规划、促进健康北京建设的惠民工程。
北京友谊医院通州院区二期建设项目内容包括医疗医技综合楼等功能用房及配套设施用房，计划设置急诊科、内镜中心、中心透析室、手术室等科室及部分放射影像检查设施。项目还将同步实施道路、绿化等室外工程和市政工程建设。建成后，将更加全面地提升副中心的医疗服务能力和技术水平，优化资源配置结构，为城市副中心建设和保障群众健康提供更加强有力的医疗支持。该项目计划于2022年底建成投入使用。
北京友谊医院是集医疗、教学、科研、预防和保健为一体的北京市属三级甲等综合医院、国家消化系统疾病临床医学研究中心，目前有西城和通州两个院区。通州院区一期是2018年底开诊，一年来共接诊患者71万余人次，门诊预约挂号率为81.18%，预约候诊时间精确到0.5小时，四分之三门诊患者实现了全流程自助。医院提供的同质化医疗服务得到了周边地区百姓的欢迎和认可，也成为支持副中心建设的重要医疗保障力量。
2019年12月15日，“北京友谊医院医疗联合体成员单位”在通州区永顺社区卫生服务中心挂牌。友谊医院通州院区和首批6家医联体成员单位将在医院管理、学科建设、医疗服务、人才培养、科学研究、文化建设等方面开展交流与合作，共同为所在区域百姓提供优质的医疗与健康保障服务。二期建成后，北京友谊医院还将进一步整合各院区资源，优化卫生资源配置，发挥医院综合实力，努力带动周边区域医疗水平提升，为百姓提供更加优质的医疗服务。
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