1、通风受限
地下室没有自然通风，需要安装通风设备解决，一般中央空调难以有效控制，需要专门的大功率空调机组对付；为防止空气污染，还需要完善的新风及过滤系统。灭菌设备区域由于没有自然通风，产生的大量热量全部需要通过设备强制通风。
2、采光不好
地下室基本没有自然光线来源，必须安装大量照明设施，耗电量就不用说了吧！
3、水灾隐患
建在地下室，排水要上提，如遇到暴雨、台风、或排水系统失灵，将面临“灭顶之灾”；一般医院整栋楼的排水系统都走地下，如果医院排水系统出现问题，带来的“灾难”也是不可估计的。
4、湿度过大
地下室的潮湿问题一直以来都是比较难解决的，如果经常处于潮湿状态，就会成为曲霉菌生长繁殖的理想场所，真菌孢子数量随之增加，“发霉包”将会与我们如影随行。有SIFIC网友爆料：某院建在地下室的CSSD湿度太大，新风根本不行，又加了6个除湿机，除湿机都没停过,还有无菌包发霉的现象，工作人员在里面长时间工作晕倒了，最终不得不重新开窗（幸亏还有一面墙能开窗）。
5、物品转运不便
除非建筑上事先设计，否则难以在手术室和消毒供应中心之间，建立直接通道转运物品。
6、虫媒危害
鼠类、虫类易从排水沟和建筑结构的漏洞入侵。
7、成本增加
机械通风设备、照明设备、除湿及调温设备、防水设施的投入，使用过程中所耗费用，以及维护费用不亚于洁净手术室的耗费。运行成本您我心知肚明！当然，如果是土豪，这条可以忽略。
8、验收不能通过的风险
2010年后甘肃、贵州、山东、江苏、吉林、湖南等各省制定的“医疗机构消毒供应中心（室）达标验收标准”，都对CSSD建筑位置做了明确要求，不主张新建CSSD在地下室或半地下室，已经建在地下室的CSSD必须配备有效的通风、除湿及调温设备，换气次数、温湿度符合规范要求。河南省、安徽省明确指出新建CSSD不应建在地下。如验收通不过就需要重新改建或改造，成本（经济成本、时间成本、霉变污染成本、人员健康成本）将是难以估计滴！
9、对工作人员的潜在危害
通风不良导致操作时产生的含有病原菌的气溶胶不能有效排出，致工作人员长期暴露于污染环境，感染风险增加；再加上潮湿、噪音等，可能损害身体健康。
到底建在哪儿，且看规范怎么说
WS 310.1-2009 《医院消毒供应中心 第1部分：管理规范》
位置要求
宜接近手术室、产房和临床科室，或与手术室有物品直接传递专用通道，不宜建在地下室或半地下室。
周边环境要求
周围环境应清洁、无污染源，区域相对独立。
内部要求
内部通风、采光良好。
建筑面积要求
应符合医院建设方面的有关规定，并兼顾未来发展规划的需要。
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