2017年1月23日，《国家卫生计生委关于设置国家儿童医学中心的函》正式印发，明确将以首都医科大学附属北京儿童医院为主体设置国家儿童医学中心（北京），以复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心为联合主体设置国家儿童医学中心（上海），共同构成国家儿童医学中心。
2012年5月，在北京市政府、北京市卫生计生委、北京市医管局的大力支持下，首都医科大学附属北京儿童医院在全国率先向国家卫生计生委递交了成立国家儿童医学中心的申请，借鉴发达国家经验，站在国家和政府层面，从发展我国儿科医学、服务儿童健康的角度阐述了成立“国家儿童医学中心”的必要性和紧迫性。
北京儿童医院地处北京西二环，是我国创建早、规模最大、集医、教、研、防为一体的三级甲等综合性儿童医院，至今已有75年历史。医院占地面积约105亩、建筑面积约12万平方米，在职职工2551人，批准床位970张；拥有我国至今仅有的三位儿科学中国科学院及工程院院士和1位俄罗斯科学院院士；拥有全国最大的儿科重大疾病临床信息及样本库；是国家生命科学与技术人才培养基地；是首批科技部批准的儿科呼吸系统疾病国家临床研究中心；拥有北京市儿科研究所、北京市中西医结合儿科研究所两个儿科研究平台；是收治儿童重大及疑难疾病最多的医疗单位；在全国儿科领域，位居领头羊的地位，连续多年蝉联复旦大学最佳专科医院排行榜和中国医学科学院中国医院科技影响力排行榜（儿科学）冠亚军位置。
自申请成立国家儿童医学中心至今，四年多的时间里，北京儿童医院始终以“国家儿童医学中心”为己任，紧扣中心核心职能，创新管理，全面开展相关工作，深入践行公立医院改革，积极探索全国儿科服务体系建设。
2013年，医院牵头组建了北京儿童医院集团，积极探索全国儿科医疗联合体道路，发挥领航儿科的作用。目前，20 家省一级成员单位均已建立起本区域内医疗联合体，共计覆盖800多家基层医疗机构，一张全国儿科四级医疗服务网络初见规模，初步构建起“首诊在基层、复杂病例远程会诊、疑难急重患者转诊无障碍”的联动服务模式，患者就医获得感明显提升。2013年起，先后托管复兴医院、大兴区人民医院、妇产医院等综合医院儿科，派出学科骨干帮扶科室发展。2015年，整体托管顺义区妇幼保健院和保定市儿童医院，通过专家、管理双下沉带动托管医院技术水平和服务能力双提升，变输血为造血，立足当地并辐射周边地区，将更多患儿留在了当地，为疏解非首都功能，推动京津冀协同发展做出了贡献。2015年，利用互联网+技术，在全国率先实施非急诊病人挂号全面预约，有效引导各地患儿有序分时就医，改善患者就医体验。所有患者可通过手机APP、微信、自助机、医师工作站等7种方式预约未来3个月至就诊当日的号源。全面预约施行后，医院就医秩序明显好转，改变了过去挂号难、排队长的状况。医院还集合优秀专家团队举办基层儿科医师培训班，面向基层医生开展儿科常见疾病诊疗规范和临床实践培训，已完成对首批30名来自北京、河北、山东、内蒙古、贵州、河南等省市自治区27家县级医院儿科医师为期2个月的培训，下一步还计划依托北京儿童医院集团成员单位开展对全国592个国家级贫困县儿科精准扶贫工作，以提升基层儿科服务能力。同时，医院还承担着全国患儿的预防保健、医疗救治任务；积极制定行业标准和诊疗规范，开展儿科临床与转化医学研究；并代表我国儿科水平，开展国际交流合作。
习近平总书记在全国卫生与健康大会上强调，没有全民健康，就没有全面小康。加强儿童健康事业发展，是健康中国建设和卫生计生事业发展的重要内容，对于保障和改善民生、提高全民健康素质、实现中华民族伟大复兴的中国梦具有重要意义。当前，随着第三次生育高峰诞生的婴儿进入生育年龄，以及全面两孩政策实施，新生儿增加，儿童医疗机构的服务群体出现了不同程度的增加，北京儿童医院作为国家儿童医学中心（北京）将联手国家儿童医学中心（上海）共同努力，尽快落实国家儿童医学中心职能，完善儿童医疗卫生服务体系，优化优质儿童医疗资源区域布局，有效提高儿童医疗卫生服务能力，共同守护2.27亿儿童的健康，为健康中国战略规划的如期实现尽职尽力。
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