随着公立医院改革的不断深化，公立医院公共卫生职能也将面临挑战与机遇。如何让公立医院既能保障公共卫生服务质量，又不影响日益繁重的医疗业务正常运行，是目前卫生行政部门要在医改中认真考虑的问题之一。
北京大学深圳医院叶郁辉等人在《中国医院》杂志2011年第2期发表了《科学规划公立医院公共卫生服务》文章。文章指出，目前我国已颁布了多部公共卫生相关的法律，以及若干的行政法规和部门规章。这些对我国公共卫生事业的发展起到了重要的保障作用，但是其中没有将公共卫生体系的构成及其所需履行的基本职能作出明确规定，因而无法形成严密的、统一规划设计的、协调一致的法规体系。目前行政管理体制存在较大缺陷，一是仍然存在突出的条块分割问题。许多同一领域的公共事业分属不同层级政府并分属不同部门，带来了突出的低水平重复以及难以配合、协作等弊端。二是不同层级政府间的责任划分不合理。公共卫生过分依靠地方政府，高层级政府的统一组织协调职能不足。由于地区间财政能力差距过大，致使很多公共卫生事业发展不均衡，部分基础性公共卫生事业甚至在一些地方出现萎缩，严重影响经济和社会的长期稳定发展。因此，明确公共卫生体系的构成及其所需履行的基本职能，协调体系中各成分体系或机构间相互关系是当务之急。
随着社会经济的快速发展和广大群众健康需求的日益提高，医院在公共卫生工作中的地位也日渐突出，大量疾病控制工作需要医院来完成，公立医院在促进和保障全民健康中占有显要的位置。目前医院在重点做好突发公共卫生事件应急处理、传染病医疗救治、传染病疫情报告、慢性非传染性疾病监测和妇幼保健等方面的公共卫生工作的同时，还将医院感染控制、医疗废物处理、实验室生物安全等纳入医院必不可少的公共卫生工作内容。明确公立医院承担公共卫生服务职责和范围，并不是给医疗机构新增工作职能和工作任务，而是在实践证明行之有效的传统做法的基础上进一步完善公共卫生服务操作规范，做好公立医院能力范围内的公共卫生服务内容，减少因历史阶段原专业公共卫生力量不足时卫生行政部门分摊的援助性公共卫生服务任务。让公立医院设置专门的部门(如目前的预防保健科、公共卫生部)和专职人员具体负责医院内的公共卫生服务的组织、落实、督导，做到有机构、有人员、有责任，确保责任到位、工作到位、措施到位、质量达标。
文章指出，医改方案和配套文件均要求确定公共卫生服务范围，保障基本公共卫生服务均等化。公立医院的日常医疗业务中含有很多与公共卫生相关的信息，也可协助公共卫生专业机构完成更丰富的项目。为保障医院的医疗业务正常运行不受影响，承担公共卫生服务不能无条件增多，卫生行政部门应规定其公共卫生服务范围，明确规定必须完成的内容和职责。当然，各地要依据国家公共卫生相关法规、结合当地实际和公立医院固有的资源配置规划公共卫生服务内容，保障基本公共卫生服务要规范、正常运行，在基本公共卫生服务质量保障的基础上商讨增加专项任务。
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